クラウンエステートは1999年11月の登場。エステートの名を冠してほぼ12年振りにモデルチェンジしたものです。エンジンを車両の中心に寄せ、燃料タンクを後席床下に設置することで走行性能を高めると同時に、広いキャビンと使いやすいラゲッジルームを実現した。搭載エンジンは直列6気筒の2.5リッターと3.0リッターで、FRの2WD車には直噴仕様のエンジンが搭載され、2.5リッターの4WD車には標準のVVT-i仕様が搭載される。組み合わされるトランスミッションはすべてATで、4WD車は4速のECT-iE、2WD車は5速の5 Super ECTとなります。インテリアは、ダッシュボード裏のクロスメンバーの設置やフロアパネルの剛性アップにより振動を抑え、ロードノイズを低減。メーターはライトを当てることで指針に陰影をつけるオプティトロンメーターとしました。リヤシートはグレードに応じて電動リクライニング機構を採用。ラゲッジルームはリヤシートバックの6:4分割可倒により、さまざまなアレンジができる。安全装備ではEBD付ABS、ブレーキアシスト、デュアルSRSエアバッグのほかに、ディスチャージヘッドランプなどを標準装備しました。2003年12月には一部改良を実施して装備を充実させています。2005年12月には、フロントフェンダーにターンシグナルランプを装備したほか、ハイマウントストップランプにLEDを採用するなど、ランプ回りの変更を行いました。またメーター内にフロントフォグランプのインジケーターを追加しました。